Kada je u siječnju u Kini identificiran novi korona virus (SARS-CoV-2), znanstvenici širom svijeta bili su spremni početi analizirati podatke o virusu. Cjelokupna genetska struktura, odnosno genom virusa, objavljena je online u roku od nekoliko dana. Za usporedbu, za vrijeme izbijanja SARS-a 2003. godine, na objavljivanje genoma tog virusa čekalo se skoro tri mjeseca.

Napredak tehnologije značajno je snizio troškove sekvenciranja gena. Digitalni uređaji za sekvencioniranje gena toliko su se razvili zadnjih godina, za sekvencioniranje gena nekada su trebali veliki uređaji dok sadašnji stanu na dlan ruke. To olakšava sekvenciranje velikog broja uzoraka širom svijeta.

‘Iz sekvence možete vidjeti kako se virus širi, brzinom kojom se širi i procijeniti broj zaraženih. Kako dobivamo sve više i više nizova, to su brojke sve točnije “, kaže profesorica belgijskog KU Leuvena Anne-Mieke Vandamme.

Sljedeće generacije uređaja za sekvencioniranje, ili NGS, mogu generirati ogromne količine podataka, a izazov postaje pronalazak načina da ih se pravilno analizira.

U 2015. godini, Vandamme vodila je projekt pod nazivom Virogenesis za razvoj novih alata za analizu i interpretaciju podataka koji potječu od sekvenciranja, posebno za laboratorije koji nisu bili opremljeni za sofisticirane genetske analize.

Jedan od razvijenih sofisticiranih alata, nazvan Genome Detective, može uzimati sirove podatke iz stroja za sekvenciranje, filtrirati rezultate od nevirusa, sastaviti genom i koristiti ga za identifikaciju virusa. Ne oslanja se ni na kakva prethodna nagađanja ili hipoteze, pa čak može identificirati viruse koji dosad nisu bili poznati. Na takav je način potvrđen prvi slučaj covid -19 u Belgiji, identificiran je kao korona virus povezan sa SARS-om.

Internetski alati kao što je NextStrain pomažu u praćenju širenja korona virusa u stvarnom vremenu. nextstrain.org

Online djeljenje podataka – otvorena znanost

Moć sekvenciranja gena dolazi iz usporedbe rezultata u različitim slučajevima. Profesorica Vandamme kaže da je zadivljujuća suradnja na međunarodnoj razini u slučaju covida – 19, mnoštvo alata za razmjene podataka kakva ranije nije bila moguća.

Jedan od tih alata je NextStrain, internetski resurs koji koristi podatke o genomu za praćenje evolucije organizama koji uzrokuju bolest, poput virusa, u stvarnom vremenu. Pratio je nekoliko epidemija, uključujući Zika, ebolu i dengu, a čak je korišten i za informiranje o politici Svjetske zdravstvene organizacije o sezonskoj gripi.

“Opredjeljenost prema otvorenoj znanosti, otvorenim podacima i pretispisima doista je promijenilo način na koji doživljavamo znanstveni diskurs u pandemiji covin – 19 u usporedbi s prethodnim”, rekao je profesor Sveučilišta u Bazelu u Švicarskoj Richard Neher, inače voditelj projekta NextStrain.

NextStrain već ima preko 700 genoma novog korona virusa pomoću kojih može pratiti pandemiju otkrivanjem novih mutacija virusa. Mutacije ne utječu nužno na ponašanje virusa, ali mogu djelovati kao genetski potpis za povezivanje povezanih slučajeva. Poput pronalaska svojeg roda DNA testom, virus, na primjer, u Madridu, mogao bi imati mutacije koje sugeriraju da potiče iz epidemije u Italiji.

Znanstvenicima je mnogo teže utvrditi proteine u virusu, odgovorne za njegovo prenošenje s čovjeka na čovjeka, od sekvencioniranje gena virusa. U slučaju covid – 19 znanstvenici u Njemačkoj nastoje otkriti njegovu proteinsku strukturu kroz program SPOCkS MS. Program vodi dr. Charlotte Uetrecht s Instituta Heinrich Pette iz Leibniza instituta za eksperimentalnu virusologiju.

Podijeli:

 

Vezane objave